Historia naszej szkoły rozpoczyna się w roku 1969, kiedy to na terenie przyległym do targowiska miejskiego, władze miejskie i państwowe dokonały wmurowania aktu erekcyjnego pod nową szkołę podstawową. W uroczystości uczestniczyli również nauczyciele i uczniowie z tucholskich szkół. Prace budowlane trwały w latach 1969 – 1971. Otwarcie nowej szkoły nastąpiło 21 lipca 1971 roku. Pierwszym dyrektorem został Jerzy Żurawka. Rok szkolny 1971/72 powitało 288 uczniów i 20 nauczycieli. Uroczystość nadania Szkole Podstawowej nr 3 imienia Mikołaja Kopernika odbyła się 12 czerwca 1973 roku. W tym dniu nastąpiło również odsłonięcie tablicy pamiątkowej, którą do dzisiaj można oglądać na szkolnym korytarzu. W roku 1974 dyrektor Żurawka odchodzi na emeryturę, a jego miejsce zajmuje Franciszek Janikowski. W listopadzie 1976 roku powstaje zespół Młodzi Borowiacy, którego prowadzenia podjęły się Maria Ollick i Lidia Grzelak. Pierwszy występ zespołu odbył się 19 lutego 1977 r. – w rocznicę urodzin patrona szkoły. W roku 1980 następuje zmiana na stanowisku dyrektora szkoły. Zostaje nim Janina Tesmer, która pełni tę funkcję do roku 1984. Po jej przejściu na emeryturę stanowisko dyrektora obejmuje Krystyna Karnowska. W marcu 1987 roku, dzięki staraniom nauczyciela fizyki – Witolda Siniły, następuje otwarcie pracowni komputerowe – pierwszej w tucholskich szkołach podstawowych. W czerwcu 1990 roku, podczas uroczystości z okazji zakończenia roku szkolnego, po raz pierwszy w historii szkoły przyznano wyróżniającym się uczniom Nagrodę im. M. Kopernika. 28 maja 1994 r, z inicjatywy wicedyrektora – Ewy Kłosowskiej, szkoła organizuje Pierwszy Festyn Wiosenny. Impreza odnosi duży sukces i jest z powodzeniem kontynuowana przez wiele kolejnych lat. Do ogólnopolskiej Sieci Szkół Promujących Zdrowie szkoła przystępuje w roku 1996. Dwa lata później, roku 1998 na emeryturę odchodzi wieloletni dyrektor – Krystyna Karnowska. Jej stanowisko zajmuje Ewa Kłosowska, a wicedyrektorem zostaje Donata Świerczyńska. W roku 1999 uczniowie klas VI po raz pierwszy piszą test kompetencji. 20 maja 2000 r, podczas VII Festynu Wiosennego „Żyj kolorowo!”, reaktywowani Młodzi Borowiacy dali swój pierwszy występ. I Międzyszkolny Festiwal Piosenki Ekologicznej zorganizowany przez Donatę Świerczyńską odbył się 18 listopada 2000 r. W roku 2001 oficjalnie otwarto pracownię komputerową, będącą darem prezydenta RP Aleksandra Kwaśniewskiego. Od stycznia 2001 roku, z inicjatywy nauczyciela – bibliotekarza Elżbiety Zielińskiej w szkole organizowana jest cykliczna impreza kulturalna „Czwartek z Kulturą”.